小昆山学校是于2002年由小昆山中学和小昆山中心小学合并组建的一所九年一贯制学校;大港学校是于2005年由大港中学和大港中心小学合并组建成九年一贯制学校。为了进一步整合、优化教育资源,提高学校办学质量,经松江区教育局与松江区小昆山镇人民政府协商,于2008年撤销原小昆山学校和原大港学校,合并成立了新的九年一贯制学校——小昆山学校。
学校现有两个校区,总部校区位于小昆山镇中德路1151号,校园占地面积83亩,建筑面积20000多平方米,环境清雅、学风浓郁,教育教学设备、设施完备,有先进的理、化、生实验室,有功能完备的体育馆和标准的塑胶跑道,有先进的校园网络系统,是一所高品位、花园式现代化学校。现有一至九年级共37个教学班,1200余名学生。
学校分部校区位于小昆山大港镇原大港学校旧址,占地面积26亩,建筑面积4400平方米,教学楼、食堂、塑胶运动场等教育教学设施一应俱全,现有一至四年级共8个教学班270名学生。